Badan Kepegawaian Nasional (BKN) memperlihatkan kesempatan kepada PNS yang belum sempat mengikuti pendaftaran dan pendataan PNS (PUPNS) pada waktu periode yang telah ditetapkan sebelumnya untuk mengikuti pendaftaran PUPNS susulan. Ada sekitar 106,038 PNS yang belum mengikuti PUPNS pada kesempatan pertama yang berakhir pada 31 Desember 2015. Perpanjangan waktu PUPNS ini mempunyai syarat ialah harus ada surat permohonan pendaftaran susulan dari Kepala Badan Kepegawaian Daerah (BKD) kepada Kepala BKN beserta alasan tidak melaksanakan e-PUPNS. Instansi diminta mengisi formulir sebagaimana format terlampir. Hal itu disampaikan Kepala BKN, Bima Haria Wibisana dalam surat dengan nomor : K 26-30/V 2-1/99 tertanggal 5 Januari 2015.
Registrasi dan pendataan ulang PNS (PUPNS) susulan ini diberi batas waktu hingga 31 Desember 2016. Selain itu kepada kawasan yang belum menuntaskan verifikasi level 1 dan level 2 juga sama diberikan perpanjangan waktu hingga 31 Desember 2016. Sedangkan bagi PNS yang telah melaksanakan pendaftaran namun belum menuntaskan pengisian formulir PUPNS diberi waktu hingga 17 januari 2016.
Apabila hingga batas waktu yang ditentukan PNS yang bersangkutan belum juga mendaftar dan mengisi e-PUPNS maka dinyatakan tidak berstatus sebagai PNS dan dihapus dari data PNS nasional di BKN.